بعد از ظهر شنبه ۱۸ مهر ماه سه بمب که توسط واحدهای مقاومت هوادار مجاهدین کار گذاشته شده بود در قبر خمینی دجال و ضد بشر منفجر شد و بارگاه جهل و فساد و جنایت را ویران کرد و خسارات سنگینی به آن وارد شد.
بر اساس گزارشهای رسیده تمام تزئینات و آئینه کاریهای این مقبره منهدم شده است.
قبر خمینی که به نحو رذیلانه‌ای به مانند ضریح ائمه اطهار ساخته شده بود با دو بمب منفجر شد و سومین بمب در کنارمقبره منفجر گردید.
اظهارات رهبر مقاومت
رهبر مقاومت برادر مجاهد مسعود رجوی در رابطه با انفجار قبر خمینی دجال اظهارداشت: «مجاهدین مثل همیشه به عهد و پیمان خود دربرابر خداو خلق وفا می کنند تا دیگر دجال خون آشامی هم چون خمینی این مظهر مجسم ارتجاع و شرک دوران جرات نکند خود را امام بنامد و دربرابر حرم مطهر امام رضا(ع) برای خودش قبه و بارگاه و صحن و ضریح پوشالی بنا کند»
برادر مجاهد مسعود رجوی افزود: «گشتیها و پیکهای ارتش آزادی نخستین جرقه ها را در قبر دجال برافروختند؛ بتکده ارتجاع را ویران کردند و به این ترتیب پیام مجاهدان و رزم آوران ارتش آزادی را به سراسر ایران رساندند. پاسخ قتلعام زندانیان و بمباران قرارگاه اشرف از این سنخ خواهد بود. یعنی آتش فروزان»
فرمان انفجار بتکده ارتجاع – اشرف – نوروز ۱۳۶۹
مسعود رجوی: «خبر کوتاه بود. تمام سال را در یک جمله خلاصه می‌کنم: خمینی مرد، مجاهدین با مریم و از مریم دیگر بار متولد شدند. وه که نخستین عید بعد از خمینی چه دلگشاست. یک عیدی از این هم بسا دلگشاترِ، آن عیدی که در میدان آزادی برگزار بشود.
یادتان نرود، اگر که رفتید، این فرمانی را که می‌گویم اجراء کنید: قبر خمینی منفجر باید گردد. دوست دارم طنین این انفجار به اقصی نقاط ایران برسد. این طنین بایستی در تاریخ ایران هم ثبت بشود، اما چون که انبوه، انبوه در آنجا دارند چپاول می‌کنند، برای این‌که قبر گران قیمتی برای اون ملعون بسازند و یک روزنامه آلمانی نوشته که تاجران تهران صحبت از ۱۶-۱۲ میلیارد مارک می‌کنند برای ساختن بنا و لابد زیور آلات و طلاجات. یادتان نرود که اشیای قیمتی را قبل از انفجار به بیت‌المال خلق برمی‌گردانیم.»
۱۴ خرداد سالروز به کرسی نشاندن خامنه‌ای توسط رفسنجانی در روز بعد از مرگ خمینی در سال۱۳۶۸
مسعود رجوی -۲۰ تیر۱۳۸۸
موسوی اردبیلی در نماز جمعه دوم تیرماه ۱۳۶۸، سه هفته پس از مرگ خمینی، به صراحت خاطرنشان کرد، علت انتخاب خامنه‌ای به‌عنوان ولی فقیه از سوی خبرگان، ترس از مجاهدین و ارتش آزادیبخش ملی ایران و مبادرت کردن آنها به‌عملیات دیگری مانند فروغ جاویدان بوده است. او گفت: «دوستان می‌ترسیدند و می‌لرزیدند، دشمنان هم خیلی امیدوار بودند به چنین روزی» که همه مسئولین نظام به‌زودی «تکه و پاره شوند».
رفسنجانی هم در نماز جمعه هفتم آذر ۱۳۷۶ در بارهٴ عنوان مرجعیت برای خامنه‌ای تصریح کرد: «شماها همه یادتان است که دورانی که (بحث) مرجعیت بود من سخنرانی نکردم. درباره مرجعیت ایشان هیچ نگفتم و هیچ‌کس از من چیزی نشنیده. شاید هم باعث تعجب شماها باشد که چرا فلانی حرف نمی‌زند. خیلیها هم از من می‌پرسیدند، ولی من نخواستم بگویم چرا؟. . . من می‌دانستم ایشان راضی نیست مرجع بشود. یقین داشتم که ایشان مخالف است».
فضیحت به حدی بود که خامنه‌ای سرانجام از دعوی مرجعیت عقب نشست و به معرفی خود به‌عنوان مرجع شیعیان خارج از ایران اکتفا کرد و به خواندن“ درس خارج ”روی آورد… …
اظهارات خامنه‌ای در جلسه خبرگان رژیم بعد از مرگ خمینی با اذعان صریح به عدم صلاحیت خودش برای مرجعیت و رهبری ـ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸
«واقعا باید خون گریست در جامعه اسلامی که حتی احتمال کسی مثل بنده در آن مطرح بشه. مسأله اشکال فنی داره، اشکال اساسی داره. این را بنده می‌دانم، شاید آقایان هم می دونید. اصلاً از لحاظ فنی اشکال پیدا می‌کنه. این قضیه رهبری، رهبری صوری خواهد بود، نه رهبری واقعی من نه از لحاظ قانون اساسی و نه از لحاظ شرعی برای بسیاری از آقایون، حرفم حجت حرف رهبر را نداره. این چه رهبری خواهد بود.»